Odbor za akreditaciju naučnoistraživačkih organizacija Ministarstva prosvete, nauke i tehnološkog razvoja Republike Srbije, na sednici održanoj 09.04.2013. godine, Odlukom br. 021-01-17/62 je akreditovao Prirodno-matematički fakultet u Nišu kao državni fakultet u oblasti prirodno-matematičkih nauka – matematika, fizika, hemija, biologija, računarske nauke, geografija, ekologija i turizam, za obavljanje naučnoistraživačke delatnosti.